Do ziemi zbliża się ogromny meteoryt. Japońscy naukowcy z przerażeniem obserwują jego lot na monitorach. Ich obawy się potwierdzają. Upadek meteorytu do oceanu powoduje szereg kataklizmów. Ogromny sztorm pustoszy nadmorskie obszary, a na samotnej, należącej do olbrzymiego koncernu wyspie, trzę...

Po uwięzieniu Godzilli w wulkanie naukowcy rozpoczęli badania nad pochodzeniem potwora i przyczyną jego mutacji. Jeden z nich postanowił wykorzystać owe badania i połączył kod genetyczny Godzilli, z kodem kwiatu i własnej córki tworząc w ten sposób Biollante, zmutowana roślinę o gigantycznych...